Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji

Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji

DNA’nin in vitro koşullarda çoğaltılmasına olanak sağlayan polimeraz zincir reaksiyon [polymerase chain reaction (PCR)] yönteminin yaklaşık 30 yıl önce keşfedilmesi, bilim insanlarının hayatında heyecan yaratan farklı uygulamaların başlatılmasına aracı olmuştur. PCR uygulamaları, başlangıçtaki tek bir genin saptanmasına dayalı, tanı amaçlı kullanımlarından, çoklu enfeksiyon etkenlerinin tanımlanması, antimikrobiyal ilaç direncinin belirlenmesi, etkenin virülans özelliklerinin araştırılması gibi alanlara evrilmiştir. Moleküler tekniklerdeki hızlı gelişmeler yeni talep ve kullanım alanlarını getirmiş, sadece etkeni göstermek, direnç ve patojenite ile ilgili belirteçleri araştırmak değil, beraberinde etkenin klinik örneklerdeki kantitasyonuna yönelik çalışmaları da öne çıkarmaya başlamıştır. Kantitasyona olanak sağlayan gerçek zamanlı PCR teknolojisi birçok enfeksiyon hastalığında tedavinin planlanması ve takibinin yapılması aşamalarında vazgeçilmez bir araç haline gelmiştir. Zamanla aynı klinik tablodan sorumlu farklı patojenlerin tek bir reaksiyon tüpünde araştırılmasına olanak sağlayan gereksinimler multipleks PCR uygulamalarını gündeme getirmiştir. Bugün için herhangi bir patojenin klinik örneklerde varlığının gösterilmesi, dijital PCR ile ≤ 1 kopya/reaksiyon gibi düşük konsantrasyonlarının dahi belirlenmesi, 1.1 IU/mL -109 IU/mL aralığında güvenle kantitasyon yapılabilmesi, gerektiğinde hepatit C virüsü, insan papilloma virüsü ve hepatit B virüsü örneklerinde olduğu gibi tip ve alt tipe spesifik amplifikasyonların yapılmasına olanak tanıyan PCR uygulamaları pratikte yerini almış durumdadır.

Bu kitabın içeriğini oluşturan diğer bir konu olan moleküler epidemiyoloji, 21. yüzyılın en heyecan verici konularından biridir. Moleküler epidemiyoloji terimi 1970'lerde ve 1980'lerin başında üç ayrı alanda kullanıma girmiştir; Kanser epidemiyolojisi, çevre epidemiyoloji ve bulaşıcı hastalıkların epidemiyolojisi. Okuyucu profili gözetilerek kitabın içeriğinde ağırlıklı olarak moleküler yöntemlerin enfeksiyon hastalıkları epidemiyolojisindeki kullanımına yer verilmiştir. Moleküler epidemiyolojide kullanılan yöntemler ile bu yöntemlerin enfeksiyon etkenlerinin kaynakları, yayılma yolları; spesifik bir konak, hastane, toplum, coğrafi bölge ve küresel dağılımının aydınlatılmasına olan katkıları irdelenmiştir. Bakterilerin tiplendirilmesinde plazmit profil analizinden başlanarak; PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism), PFGE, tekrarlayan gen dizilerini hedef alan analizler ve DNA baz dizileme temelli tiplendirme yöntemleri hakkında bilgiler verilmiştir.